El catalán trabajó como director deportivo del club durante las últimas cinco campañas, en las que logró tres títulos de liga, dos competiciones coperas y se una clasificación para la Champions League en la campaña 2015-16, además de participar en la Europa League en dos ocasiones.
A principios de 2017, Jordi Cruyff asumió de forma interina y simultánea el papel de director deportivo y entrenador tras la destitución de Shota Arveladze. Entonces encadenó ocho victorias y un empate en nueve partidos y reavivó las esperanzas del equipo de lograr el título de liga.
En la presente temporada clasificó al Maccabi Tel Aviv en la fase de grupos de la Europa League tras superar las cuatro rondas previas y cerró su participación en esta competición con una victoria por 0-1 contra elVillarreal. "No soy de celebrar mucho, pero estoy contento por el cuerpo técnico y los jugadores, que han obtenido un premio al esfuerzo que han hecho en el partido. Los aficionados han podido disfrutar de un momento feliz después de mucho tiempo", declaró el técnico catalán.